生物工程学院是我校首批设置的重点系部之一，位于风景秀丽的鼓山校区，专业办学历史可溯源至1992年，为国家培养了近万名专业技术人才和管理人才。
生物制药、现代农业、食品加工等产业均为国家高度重视的民生产业。近年来，随着安徽融入长三角经济圈和合肥市建设长三角世界级城市群副中心的步伐加快，生物工程学院主动调整专业布局，认真贯彻党的教育方针，遵循高素技术技能人才培养规律，深化教育教学改革，积极探索具有特色的办学模式，为社会培养用得上、留得住的专业技术人才。2015年，生物类专业群立项为安徽省地方技能型高水大学建设项目，2016年，生物类专业群和食品药品分析检测平台被立项为国家优质高等专科学校建设项目，学院三大专业群迎来千载难逢的发展机遇，为区域经济社会发展培养应用型人才。
学院以就业为导向、以服务区域产业升级为导向，开设了药学、园林和食品三大类专业，包括药学、药品质量与安全、药品生产技术、药品经营与管理、园林技术、园艺技术、食品检测技术、食品质量与安全、食品加工技术、休闲农业等专业，目前在校生1800人。药学专业和园林技术专业为安徽省特色专业，药学专业也是省级骨干专业，食品检测技术、药品质量与安全为学校综合改革试点专业。
学院有一支治学严谨、造诣深厚的教师队伍，现有校内专兼职教师59名，教授6人，副教授22人，省级教学团队1支，省级专业带头人1人，其中胥振国教授是省级教学名师，合肥市专业技术拔尖人才；范高福副教授为省级教坛新秀、合肥市学术和技术带头人储备人选、合肥市名师工作室领衔人；赵弼皇老师为安徽省优秀教师。学院重视课程改革，组建了数支校内教师为主、企业技术骨干参与的程建设小组，进行教学情景设计，实施“教、学、做一体”教学改革，积极推广混合式教学模式，课程教学改革成效明显，现有省级精品课程1门、省级精品资源共享课1门、省级大规模在线课程1门。在职业院校教师教学能力比赛中，我院赵弼皇老师教学团队荣获国赛和省赛一等奖，王倩倩老师教学团队、杨泽星老师教学团队均荣获省赛二等奖。学院重视校企合作，积极推进“工学交替”教学改革；重视教学质量，认真执行院系领导、教研室主任、任课教师三级听课制度，坚持日常教学巡查和集中教学检查制度，加强课堂教学质量监管，每学期对所有任课教师进行综合考核。
学院注重实验实训室建设，建有功能完备的药学综合实训中心、食品加工综合实训中心、园林园艺综合实训中心和食品药品分析测试中心等教学实训场所。各种专门实训室、工作室59个，实训仪器价值2800万元。药学综合实训中心为省级实验实训示范基地。学院与青松食品集团共建的实践教学基地为省级示范实习实训基地。生物工程学院与百姓缘大药房、国胜大药房、上海益丰集团、中徽生态环境有限公司、安徽省立医院、安徽青松食品集团、合肥好利来食品有限公司等全国著名的药学、园林、食品企业建有良好合作关系，各专业均建有专门的省内外实习基地。学院为企业量身定做专业技术人才，根据岗位生产技术实际与企业共同开发课程，开展专项培训，聘请企业技术骨干参与、指导教学改革，开设了“上海益丰班”、“百姓缘人才储备班”，“青松班”、“中徽班”等校企合作班。校企合作有力推动了教研学改革，提高了教育教学质量，更好地服务企业和社会。
生物工程学院办学历史悠久，师资力量雄厚。在办学过程中，始终坚持以市场和就业为导向，与省内外多家用人单位建立了长期合作关系并签订了用人合同，所培养的毕业生理论基础知识扎实，实际动手能力强，深受社会各界好评。由于就业前景好、社会需求量大，近年来毕业生一次就业率达98%以上，远远满足不了社会的需求。近年来，我院毕业生通过自身努力在社会实践，在各自领域里施展才华，为母校挣得良好的社会声誉。药学专业毕业生张男担任南京圣和药业总经理助理职务，园林专业的毕业生江坤在中徽生态环境有限公司担任工程部负责人，莫志明在上海强迅园林景观公司担任造价工程部经理，欧贵典创办企业上海艺圃园林景观工程有限公司，由于他们出色的工作表现，我院毕业生成了用人单位争抢对象，省内外知名企业纷纷来我院招聘人才，如上海益丰大药房、南京圣和药业、苏州海王星辰、浙江华海制药等。
学院坚持立德树人、育人为本，以社会主义核心价值观为统领，以培养学生成长成才为目标，以建设优良班风、学风为核心，以理想信念教育为重点，开展形式多样的第二课堂活动，药海拾贝社团、“摘星”志愿服务队、趣味运动会、排球赛、篮球赛、迎新晚会、元旦晚会、十佳歌手比赛等活动，丰富了大学生业余生活，形成了具有我院特色的校园品牌文化。
近两年主要荣誉：
2018年全国职业院校教师教学能力大赛一等奖（1支团队）
2018年安徽省职业院校教师教学能力大赛一等奖（1支团队）
2018年安徽省教学成果奖一等奖（范高福等）
2019年安徽省教学成果奖特等奖（胥振国等）
2019年安徽省教学成果奖一等奖（赵弼皇等）
2019年安徽省职业院校教师教学能力大赛二等奖（2支团队）
2018-19年安徽省互联网+创新创业大赛银奖1个、铜奖4个
2018-19年安徽省职业院校高职组技能大赛二等奖4个，三等奖11个
