生物工程学院是合肥职业技术学院首批设置的重点系部之一，办学历史可溯源至1978年。学院坚持以就业为导向，以服务区域产业升级为目标，以学生能力发展为根本，以专业建设为核心，以改革创新为动力，以合作办学为途径，坚持立德树人、质量兴院，走“校企合作、内涵发展、特色发展”之路，为国家培养了近万名高素质技术技能人才和管理人才。

学院现有药学、药品质量与安全、药品生产技术、食品检验检测技术、园林技术等五个专科专业，以及与合肥师范学院联合培养的制药工程（专升本）专业。其中药学专业为省级特色专业、高水平专业、省级骨干专业。2025年，药学专业立项拟设本科层次职业教育专业，药学专业群立项校级双高专业群培育项目。园林技术专业为省级特色专业，药品质量与安全专业为校级综合改革试点专业，食品检验检测技术专业为校级综合改革试点专业、立项省级服务新兴产业特色专业（群）。目前在校生1400余名。近年来，学院毕业生平均就业率在95%以上，深受用人单位的好评和欢迎。

学院拥有一支高素质专业化“双师”型教师队伍，现有专兼职教师55名，其中，教授5人、副教授（含高级实验师）15人，省级教学名师3人、省级教坛新秀5人、省级线上教学新秀1人，省级优秀教师1人、安徽省学术技术带头人后备人选1人，安徽省优秀科技特派员1人，博士3人、硕士（含在读）36人，“双师型”教师34人，专业课教师中“双师型”教师占比为65.3%。药物化学教学团队为省级教学团队，药物制剂教学团队为省级教师教学创新团队。药学教研室为省级优秀基层教研室。

学院现有校内实验室54个，使用面积7000平方米，实验实训设备1570多台套，仪器设备总值2800万元，充分保障了教育教学和科学研究的需要。药学实验实训中心、食品实验实训中心、园林实验实训中心和药品食品分析检测平台等生产性实训场所4个，其中，药学实验实训中心、食品加工综合实训中心、药品食品分析检测平台均为省级示范实验实训中心。

学院持续深化产教融合、校企合作。分别与安徽国胜大药房连锁有限公司、安徽百姓缘大药房连锁有限公司、合肥市食品药品安全检验检测中心、安徽省食品药品检验研究院、安徽医科大学附属巢湖医院、合肥市第八人民医院、华益药业科技（安徽）有限公司、上海海虹实业（集团）巢湖今辰药业有限公司、上海益丰大药房连锁有限公司、安徽青松食品有限公司、合肥市蓝塔食品有限责任公司、安徽国泰众信检测技术有限公司、安徽一毛餐饮管理有限公司、紫约农业集团有限公司、安徽蓝斯凯园林工程有限公司等企事业单位共建校外实习实训基地37个，开设“上海益丰班、百姓缘储备人才班、国胜卓越人才班、华益笃行班、一毛育鹰、”等订单式培养班6个。

学院坚持立德树人、育人为本，以培养学生成长成才为目标，积极开展形式多样的第二课堂活动。药海拾贝社团、织情花艺社、魔幻烘焙坊等专业社团活动，丰富了大学生的业余生活，形成了特色校园品牌文化。

取得的主要荣誉：

2018年全国职业院校教师教学能力大赛一等奖（1支团队）

2018年安徽省教学成果奖一等奖（1支团队）

2019年安徽省教学成果奖一等奖（1支团队）

2019年安徽省职业院校教师教学能力大赛二等奖（2支团队）

2019年安徽省互联网+创新创业大赛银奖1个、铜奖4个

2019年安徽省职业院校高职组技能大赛二等奖4个，三等奖11个

2020年安徽省教学成果奖特等奖（1支团队）、一等奖（1支团队）

2020年获安徽省技能大赛三等奖（4支团队）

2020年获安徽省职业院校教师教学能力大赛二等奖（1支团队）、三等奖（1支团队）

2020年第六届安徽省“互联网+”大学生创新创业大赛获银奖1项、铜奖3项

2021年药学教研室评为省级基层示范教研室

2021年获安徽省职业院校教师教学能力大赛三等奖（1支团队）

2021年第七届安徽省“互联网+”大学生创新创业大赛获金奖1项、铜奖4项

2022年获徽省职业院校教师教学能力大赛三等奖（1支团队）

2022年第八届安徽省“互联网+”大学生创新创业大赛获铜奖2项

2023年第十八届“振兴杯”全国青年职业技能大赛学生组创新创效竞赛获优胜奖

2023年第八届安徽省“互联网+”大学生创新创业大赛获铜奖1项

2024年获徽省职业院校教师教学能力大赛三等奖（1支团队）

2024年获安徽省职业院校高职组技能大赛二等奖2项，三等奖7项

2024年安徽省大学生创新大赛获铜奖1项

2024年第十一届“挑战杯·华安证券”安徽省大学生创业计划竞赛获金奖1项，铜奖1项

2025年获安徽省职业院校高职组技能大赛二等奖3项，三等奖9项