生物工程学院是合肥职业技术学院首批设置的重点系部之一，办学历史可溯源至1978年。学院坚持以就业为导向，以服务区域产业升级为目标，以学生能力发展为根本，以专业建设为核心，以改革创新为动力，以合作办学为途径，坚持立德树人、质量兴院，走“校企合作、内涵发展、特色发展”之路，为国家培养了近万名专业技术人才和管理人才。
学院现有药学、药品质量与安全、药品生产技术、园林技术、园林工程技术、园艺技术、食品检验检测技术、食品质量与安全以及与合肥师范学院联合培养的制药工程（专升本）等9个专业。其中药学专业为省级高水平专业、省级骨干专业，药学、园林技术专业为省级特色专业，药品质量与安全、食品检验检测技术专业为校级综合改革试点专业。目前在校生1500余名。近年来，学院毕业生就业率均保持在98%以上，深受用人单位的好评和欢迎。
学院有一支治学严谨、造诣深厚的教师队伍，现有校内专兼职教师56名，其中，教授5人、副教授（含高级实验师）22人，省级教学名师3人、省级教坛新秀5人、省级优秀教师1人、省级学术技术带头人后备人选1人、省级优秀科技特派员1人，博士（含在读）2人、硕士（含在读）39人，“双师型”教师33人，专业课教师中“双师型”教师占比为63.5%。药物化学教学团队和药物制剂教学团队为省级教学团队。药学教研室被评为省级优秀基层教研室。
学院专业实践教学设施齐全，教学仪器设备先进。现有校内实验室59个，药学实验实训中心、食品实验实训中心、园林园艺实验实训中心和药品食品分析检测平台等生产性实训场所4个，其中，药学实验实训中心、食品加工综合实训中心、药品食品分析检测平台均为省级示范实验实训中心。实验实训室使用面积7000平方米，实验实训设备1570多台套，仪器设备总值2800万元，充分保障了教育教学和科学研究的需要。
学院与安徽国胜大药房连锁有限公司、安徽百姓缘大药房连锁有限公司、合肥市食品药品检验中心、安徽省食品药品检验研究院、安徽医科大学附属巢湖医院、合肥市第八人民医院、华益药业科技（安徽）有限公司、上海海虹实业（集团）巢湖今辰药业有限公司、上海益丰大药房连锁有限公司、安徽青松食品有限公司、合肥市蓝塔食品有限责任公司、安徽国泰众信检测技术有限公司、中徽生态环境股份有限公司、安徽构美生态景观有限公司、安徽华艺生态园林股份有限公司等多家企事业单位共建校外实习实训基地32个，深入开展校企合作，开设“上海益丰班、华益班、青松班、百姓缘储备人才班、国胜卓越人才班、中徽杰出人才班”等订单式培养班6个。
学院坚持立德树人、育人为本，以培养学生成长成才为目标，积极开展形式多样的第二课堂活动。药海拾贝社团、织情花艺社、魔幻烘焙坊等专业社团活动，丰富了大学生的业余生活，形成了特色校园品牌文化。
近年来主要荣誉：
l 2018年全国职业院校教师教学能力大赛一等奖（1支团队）
l 2018年安徽省职业院校教师教学能力大赛一等奖（1支团队）
l 2018年安徽省教学成果奖一等奖（1支团队）
l 2019年安徽省教学成果奖一等奖（1支团队）
l 2019年安徽省职业院校教师教学能力大赛二等奖（2支团队）
l 2019年安徽省互联网+创新创业大赛银奖1个、铜奖4个
l 2019年安徽省职业院校高职组技能大赛二等奖4个，三等奖11个
l 2020年安徽省教学成果奖特等奖（1支团队）、一等奖（1支团队）
l 2020年获安徽省技能大赛三等奖（4支团队）
l 2020年获安徽省职业院校教师教学能力大赛二等奖（1支团队）、三等奖（1支团队）
l 2020年第六届安徽省“互联网+”大学生创新创业大赛获银奖1项、铜奖3项
l 2021年药学教研室评为省级基层示范教研室
l 2021年获安徽省职业院校教师教学能力大赛三等奖（1支团队）
l 2021年第七届安徽省“互联网+”大学生创新创业大赛获金奖1项、铜奖4项
l 2022年获徽省职业院校教师教学能力大赛三等奖（1支团队）
l 2022年第八届安徽省“互联网+”大学生创新创业大赛获铜奖2项
